原发性胆汁性胆管炎是一种典型自身免疫性疾病，它的自身免疫反应直接针对机体高度保守的胞内自身抗原。可以肯定天然免疫和获得性免疫都参与了PBC胆管疾病的发生，但PBC的免疫学效应机制的研究依然存在很多疑点。线粒体是一个哺乳动物体内广泛分布的细胞器，而在PBC发生中，只有胆管上皮细胞和少量的唾液细胞受到了免疫攻击，这种机体选择性的攻击，一方面同胆管上皮细胞与其他上皮细胞相比所特有的凋亡机制有关，另一方面也可能是由外界因素刺激引发的次级免疫损伤所导致。GWAS中的信息和一些小鼠模型中的实验数据显示，白介素12家族信号通路同疾病发生高度相关，这些发现不仅有助于我们建立新型的治疗方法，同样有利于研究者更加合乎逻辑地解析疾病发生的内在分子机制。

虽然PBC的基础研究在近年来有了一些令人鼓舞的进展，但是在概念和逻辑层面依然存在诸多挑战。第一，只有大样本的研究才能深入剖析疾病的遗传学基础，但是PBC的发病率却相对较低，样本缺乏，因此研究者们只有通过广泛的国际合作才能确保样本容量满足统计学的需求。第二，外源化学物质和感染相关的物质在PBC疾病发生所发挥的作用同样需要研究者的重视。第三，建立合适的动物模型是唯一有力的剖析疾病机制的方法，在这方面研究者还需要不遗余力的坚持和努力。最后，从临床的角度看，我们需要建立新的临床随访方法，做好PBC患者长期治疗的随访跟踪和二次治疗追踪，从而在长期追踪中发现更多疾病相关的线索。相信随着疾病诊断时程的提前加上更加有效的治疗药物的开发（比如特异性的单抗），将能够尽量降低PBC患者的肝脏移植需求，改善PBC患者的生存质量。