王永炎教授十分关注中医药的创新发展，关于中医药的创新也多有论述。他在中医药创新中尤其关注理念和思维方法的问题。早在2000年就提出：“21世纪中医药的现代化发展，不单纯是技术问题，而主要是指导思想、思维方法和观念的问题。中医治疗不是采用单纯对抗疗法。而是以中药方剂为主，采用整体综合调节形式，针对疾病的主要发病环节，通过多途径、多环节作用于人体的多层面、多靶点，使其整体水平、器官水平、细胞水平、亚细胞水平、分子水平得到相应调整。正是因为医学模式的不同，中医学的研究和发展，只能借鉴而绝不可能完全照搬西医学的研究发展模式。以往的中医药科学研究大多是在现代思维模式指导下进行的，这可能是事倍功半的原因之一。在中医药的现代研究思维方法中应自觉地将整体观念作为指导思想，这是极其重要的”。“中医药发展过程可概括为继承、验证、质疑、创新四个阶段。在这个过程中要提倡两种科学精神，一是怀疑精神，只有发现问题才能解决问题；二是创新精神，要在继承的基础上创新。”

王永炎教授认为“创新是中华民族伟大复兴的需要，它体现在思维、设计、速度、效率、效果之上，其中最主要的是创新思维和最终体现为可供检验的效果。其次，创新要有目标、方向和项目课题。这是经过深思熟虑、凝聚而成的，因此不可能是短期行为。在中医药方面选择的空间很大，如用现代科技方法来揭示中医药的科学内涵、创新发展中医药学的理论等。最后，创新除了要有器物、技术、设备、资金等条件外，最重要还是对创新人才的培养。现实已经把中国推向了世界舞台，我国与欧美、非洲、亚洲各国的文化和经济交流日益频繁，但熟知这些业务和外文的人才奇缺；在专业方面仍缺少领军的复合型人才。

他对基础研究十分重视，认为：“纯基础研究工作，一旦取得有显示度的结果，就有可能产生划时代的效果，如相对论的提出、电磁理论的形成、超导与半导体的现象，以及生物遗传因子双螺旋结构的发现等。”这对近年科技体制改革有非常重要的意义。“开展基础研究有三个要素。一是提出新问题，即文献上没有“解”的新问题，或是另有“新解”的旧问题。二是深入思考，考虑与问题有关的理论和现象以及“解”的可能方向。三是大胆设想或假设，这才是解决问题的关键。只有提出新问题，才能求得新的科学知识，鼓励求真求异。”

关于创新的条件和方法，王永炎教授认为：“独立与自由是创新的基础。中医药学学科具有自然科学与社会科学的双重属性，要弘扬中医学的原创思维与原创优势，重视传承，在传承的基础上创新。这是一种整合，中医和西医，特别是中医优势的临床思维，从循证、诠释到学派的研究，应该充实现代医学科学，进而构建统一的医学。毫无疑问，这就是大科学背景下最重要的整合，实施整合的运作机制，既要跳出中医药学学科的领域，又要服务于中医药事业的战略任务，强化国家意识，要欢迎一切热爱和愿意参与中医药研究的科学与人文相关学科的志士仁人。寻求新型的举国体制，举国体制在中国有其优势和特色，“两弹一星”就是举国体制成功的典范；要营造宽松的环境，允许失败，倡导“独立之精神，自由之思想”，独立与自由是创新的基础，若没有独立之精神、自由之思想，何谈创新，又何谈原创的创新？”

创新的方法上，王永炎教授提出：“在现阶段概念的诠释与诠证、术语的规范研究也是一种创新。因为创新是指引入或产生新事物并且造成变化。引入现代诠释学、术语学所做的研究，应归入创新的范畴。”他将诠释学引入中医理论研究中，并指导团队开展了大量的概念诠释研究，为中医药的研究开辟了新的方法学途径。

总之，在中医药学学科发展中，王永炎教授认为创新是主线，但不可忽略传承，中医药学学科的进步和事业的发展需要创新，但首先是继承基础上的创新，继承中医药学的原创思维与原创优势显得十分重要。因此，创新重要的是理念、理论及方法的创新。

“中医现代化”、“中药现代化”从20世纪90年代末以来一直成为关注的热点之一。1996年，我国正式提出了中药现代化的口号，相继在1998年有学者开始探讨中医现代化的内涵。王永炎教授于2000年在《中医杂志》发表了《关于中医学跨世纪发展若干问题的思考》一文，开始表述他对中医药现代化的若干想法及思考。

在其《关于中医学跨世纪发展的若干问题的思考》中提出：中医学要想适应当代社会的需要，就必须将传统中医学的优势和特色与现代科学技术相结合而发展下去，这个过程就是中医现代化。中医现代化是一个发展过程，它有两个不同范畴的概念。其一是中医药学术和中医行业的现代化发展，但它更主要的是体现了生产、社会、哲学等因素对一门自然科学发展的影响；其二是中医学学科的现代化发展，是其在科学理论和应用技术上的完善和进步，它必将受到理论与实践、继承与创新、分化与综合等内在因素的制约，有其内在的规律。他指出要确立中医现代化发展的基本策略、提出中医学学科现代化发展的重大问题和关键技术、制定中医现代化科技发展战略与目标，方能有力地支撑和促进中医现代化，加快中医现代化发展进程。这与科技部、国家中医药管理局后期立项开展了系列软科学研究课题，如“中医现代化科技发展战略研究”、“中医药现代化发展战略研究”、“中医现代化发展战略研究”相一致，也就是坚持中医药现代化是中医药发展的必经之路，但是要从行业角度加强顶层设计，制订好战略规划，才能避免走弯路。2002年，《对新世纪中医药发展几个问题的思考》一文中提到要“坚持中医药现代化的根本道路”，认为中医药要走向国际化，被世界接受和认可，都要求中医、中药必须走现代化的道路。

王永炎教授指出：制约中医学向现代化发展的两个瓶颈，一是“证候理论”的现代科学阐释，即体现个体化具体治疗的辨证论治思想及其方法，它突出地反映了中医学科学的健康观和疾病观，与今天新的健康观念和医学模式不谋而合；二是方剂的物质基础与作用机理，它远非通过单一化合物结构的分离和修饰，达到特异单一作用的西药制药和作用模式，而是有自己独特的药学特征，即方剂通过主要药效组分在多靶点或靶器官上，发挥整体综合调节作用，达到治疗、预防、康复与保健的功效。当然在短时间内搞清、阐明上述两大问题是非常困难的，因为阐明“某事物为什么是这样的”，要比说明“某事物是这样的”要困难得多，后者只要说出客观的、科学的理由和证据即可，而前者则须在此基础上阐明其复杂的机理，这需要长期、全面的高质量的研究和大量的积累。关于证候及方剂的研究，中医界从未停止过，从国家973计划、攻关或支撑计划到国家自然科学基金一直将中医证候及方剂研究列为重点研究领域，但仍未取得突破性进展。所以到了今天，证候与方剂理论的研究仍然是中医药科学研究的瓶颈之一。

在中医现代化中提倡既要重视中医临床研究，又要重视多学科方法的引进。他指出：“中医学是一门实践性很强、重视经验积累的医学，只采用现代实验医学的方法是不够的。在整体辨证思维指导下，在强调以临床为中心，以实践为根本的前提下，基础研究和临床研究相结合，提出理论假说，并逐步建立新概念、新理论，这是中医学发展应遵循的原则。”“要重视科学方法的运用，特别是应用数学方法，包括计算机技术，建立和完善系统的中医药疗效评价体系，提高中医药临床疗效的客观显示度，如合理的DME设计、可靠的数理统计资料、中医药数据库、科学的评价方法等。同时要对中医学的一些概念、基本单元、学科分级的界定，共有标准的制订等进行进一步的规范化研究，既要能体现中医学特色和优势，又要思考与现代相关学科的衔接，这代表着一个学科的成熟度。”

他对中医药现代化的发展方向十分认可，认为中医药现代化是中医药通往世界的必由之路。中医药要发展，就必须紧密地与现代科技相结合，与西医学趋同发展，互相补充，以此提高自己的综合实力。中医现代化是在大科学背景下，保持和发扬中医原创思维和原创优势，有效利用现代科学技术和方法，丰富和发展中医理论，提高中医药临床实践能力和水平，促进中医药创新发展，使中医药更好地服务于民众及国际化的实践过程和发展目标。

要“中医研究”，而不要“研究中医”，是已故国医大师陆广莘先生提出来的，他在2011年7月27日于《健康报》“要中医研究而非研究中医”一文中，对二者定义如下：“中医研究即用传统的中医思维、传统方法和经典理论去研究、传承和发展中医，而研究中医是用现代的科学技术来验证中医的正确性”。王永炎教授深知陆老先生这份热爱中医之深厚感情，强调“中医研究”是为了加强中医为主体研究。但导师仍认为在现阶段“中医研究”与“研究中医”应并行。

中医研究，是坚持中医主体发展，我主人随。要坚持和弘扬中医药学的原创思维和原创优势，在继承的基础上发展中医，兼容多学科研究成果。要符合中医学术创新模式，从临床到理论再到临床，不断提高中医药临床疗效，创新中医药理论。这要求中医学人在开展科学研究时，要提出中医的命题，要用中医的思维，要选用适合中医的方法。中医研究才能防止“中医西化”。

然而时至今日，仅仅依靠中医传统方法研究中医也是不够的。“研究中医”是中医开放包容的态势，欢迎多学科热爱中医的仁人志士开展中医的研究。“研究中医”的目的不仅仅在于“用现代的科学技术来验证中医的正确性”，更深远的意义则在于以下三个方面：一是揭示中医原理的现代机制。通过对中医原理现代机制的揭示，弄清疗效发生的内在联系，破解“知其然不知其所以然”的历史难题。二是使中医理论的现代表述成为可能。只有通过研究中医，弄清中医理论在现代科学水平上的表达，才能使中医理论得到现代科学的解释，才有可能用现代语言进行表述。三是可能有更深层次的发现。随着研究的拓展与深入，可能会有在宏观层面难以有新的发现。研究中医，离不开对人体微观世界的探索，可以为理论突破创造条件。研究中医方能达到共识疗效、扩大中医的可及性，提高中医的国际认可度。

因此，当下“中医研究”、“研究中医”都应该被鼓励、被认可、被推广。

标准是衡量事物的准则，是学科成熟程度的标志，是中医药学学科发展的必然需求，是最高层次的科研成果。标准化的意义，就在于能够在一定范围内持续获得最佳秩序和效益，从而不断推动经济发展和社会进步。标准在制定过程中具有综合性和共识性，在执行过程中具有权威性和约束力，并随着时空的转化不断地提高、不断地修订，因此标准制修订工作是一项长期的工作。

当今中医药标准化工作面临的形势是喜忧参半。

喜的是中医药标准化工作在“十一五”期间，有了更好、更快、更大的发展，形成了中医药专家广泛参与，全行业关注、支持和参与标准化建设的良好氛围，中医药标准制修订步伐明显加快，相对独立、完整的中医药标准体系框架初步形成。中医药标准化工作的支撑体系建设得到加强，涌现出一批能够承担中医药标准化研究制定的组织机构，凝聚起一支医教研产相互配合、精通中医专业技术、熟悉标准管理知识的复合型专家队伍。国际标准化工作取得了突破性进展，我国实质性参与世界卫生组织（WHO）国际疾病分类代码（ICD-11）传统医学部分的制定，在国际标准化组织中医药标准化技术委员会（ISO/ TC249）平台，我国2个中医药国际标准项目通过了国际立项，并获得了3个国际工作组召集人席位，可以说，这是具有跨时代意义的重大成就，与针灸腧穴标准的制定与日同辉，而又有当今的时空特征。

忧的是中医药标准化工作存在的问题也很突出。一是思想认识的问题。中医药界某些学者对标准的制定存在比较严重的误区，认为高层次的科研成果可以为标准，并可在全国推行，甚至可推荐为国际标准，很显然这是一种误解。因为标准具有综合性，是多人多项成果的搜集、整理、升华，是最高层次科技成果的整合。单一的科研成果尚无广泛的专家共识，也缺乏严格的科学验证以及时间和实践的检验。二是科学研究的问题。在部分疾病上，有三五个，甚至十几个指南、规范、标准，究其原因在于缺乏制定中医药标准的创新方法学，这是我们必须要关注的。将循证医学引入到中医诊疗指南的制定中，不可否认对提高诊疗指南的质量具有一定的作用。目前，中医医案被认为是最低等级的循证证据，王永炎教授对其存在质疑。早年上海章太炎先生就说，中医对人类贡献最著者莫过于医案。如果我们按病证诊疗整合医案，采用现代的数理统计方法作有效的分析，基于临床数据的医案研究将能提高其循证证据的级别。三是统筹协调的问题。标准的制定、推广、应用、反馈、修订应该是螺旋上升的过程，目前制定的许多标准束之高阁，实际应用较差。要加强政府主管部门对相关标准的管理，加强标准制修订与标准的推广应用的统筹协调。同时，也应注意到标准的制定与知识产权保护之间的关系。

中医中药是为数不多的几个具有自主知识产权的民族产业之一，在制定国际标准时，具有一定的主动权，中医药国际标准的制定应该本着“我主人随”的原则。然而，国际指南的制定具有一定的原则和规范，中医中药要想走向国际，和国际接轨，必须制定符合国际标准规则的临床实践指南。中医指南的制修订要注重创新方法学的研究。要集成古代和现代中医药成果的精华，注重资源整合，要厚今薄古，古为今用，通过整合现代科技成果而不断修订、更新、完善。对于循证医学、定性研究、专家共识等，综合科研成果、获得循证证据的手段，应在充分学习应用的基础上，加以改进，克服局限性，使之能够服务于中医指南的制修订。在安全、有效、稳定的大前提下建立规范的中医药临床实践指南，成为人们均应该遵守的规则，否则难以比较，无法约束而使行业行为处于无序的状态。要从全球的视野去制定具有较好临床证据的、切实可行的中医药指南，这样才有一定的广度和高度，才有和谐友好发展的人文环境，才能提升中医药学的国际学术影响力。

针对中医药标准化工作面临的形势，王永炎院士在研究对策方面提出5点建议。

第一，关于时空转换。中国是中医的发源地，而后传到日本、韩国及世界各地。日本尊仲景学说，发展汉方医学，代表人物如吉益东洞、丹波元坚，代表性著作《药征》《杂病广要》传到中国并被推广。中医在韩国被称为韩医学，宗太极八卦，代表著作如《东医宝鉴》。值得重视的是我们要学习日本人、韩国人，他们较早学习并应用符合国际规范的方法学来制修订标准，拥有一批掌握国际规范的标准化人才，而我们起步较晚，缺乏这样的人才，应该抓紧时间培养懂历史、重传统、善于标准制定、熟悉国际规则、能够运用英文和多语种的人才，争取国际标准制定的主导权和制高点。

第二，关于科学主义。大家应该看到，过分追求精准仍然是今天的现实，然而它正在发生着变化。标准的制定要求精准才可操作，然而这并非是唯一的准则，当今科学的格局正发生着深刻的变化，非线性、不确定性物质运动被列为科学的范畴。以种子种苗的研究为例，既要看到植物学相关生态研究的成果，又要朝向两端延伸，宏观到观天象、察物候，微观到基因组学、蛋白组学、代谢组学，而后是微观和宏观的链接、综合和分析的链接、实体本体论和关系本体论的链接，然而这仅仅是一种研究思路，如能找到契合点则意味着突破，但常常擦肩而过，显然这仅仅是一个开始，渴望对接是任重道远的企盼。

第三，关于文化冲突。文化的冲突是标准竞争最基本的因素，政治、经济、军事、外交的冲突最终都是和文化冲突密切相关的。中医学是医学体系的重要组成部分，是防治疾病、维护人类健康的生命科学，中医药有文化但不完全是文化，中医药研究也不应是从文化到文化，然而文化冲突必须重视。标准是掌握学科主动权的重要工具。应该看到我国与日本在标准化建设上尚有一定的差距。这源于近现代我们标准化发展没能跟上时代发展的步伐，没能适应全球标准化发展的趋势。就中医中药来说，我们是发祥地，具有原创的思维，体现优秀的传统文化。中医药原创思维是意象思维、具象思维，最后是形象思维，我们的原创优势是现代传染病，特别是病毒性传染病，我们和转化医学、个体化医学靠得最近，所以中医药标准的制定应该以我为主体，我主人随，最终能够做出中医认可、西医共识，中国人认可、外国人也认同的标准，这是一件困难的事，要达成共识是我们努力的目标。

第四，关于国内情况。标准化工作首先应当增强自我意识，通过宣传教育，在临床上深入转化医学，加强现有科技成果、临床实践经验等对标准制修订的技术支撑，促进标准在科研、教育、医疗产业等领域的推广运用。其次，注重中医药标准化的创新方法学研究。对于循证医学、疗效评价做综合研究，获得基于临床试验数据共识性的循证证据，对循证医学技术手段应在充分学习应用的基础上，加以改进完善，使之能够服务于中医标准的制修订。最后发挥政府的职能，推进将形成中医药标准草案作为重大项目立项实施和评估及评审验收的基本要求，推进中医药的教材、著作、论文等的撰写与现有中医药标准的衔接，推进建立标准研究制定、推广运用、评价反馈、再修订的螺旋式上升的中医药标准制修订机制。

第五，关于整合资源。标准的制修订要集成古代和现代中医药成果的精华，注重古代和现代的资源整合，原则上要厚今薄古，古为今用，通过不断整合当下最先进的得到广泛共识的科研成果而不断修订、更新、完善。针对当前部分疾病存在三五个以至七八个指南，标准规范不统一的现象，要加强整合，发挥各专业标准化技术委员会的技术指导作用，鼓励多个社会团体、学会组织联合协作制定标准。同时，中医药标准化工作需要行业内外的统筹整合，应追求大学科、广覆盖，要将中医药标准化的发展置于大学科背景下，要跳出学科限制，要服务于中医药事业的发展，天地生、数理化、逻辑学、运筹学等都是不可缺少的。最后，要加强国际合作，整合国际资源，调动国际学术组织的力量，通过国际科技合作，扩大我国在中医药科研领域的影响力，加强政府间的对话，注重在合作共赢前提下的竞争，争取更多国际利益相关方的支持。