终焉的银河

在人类进入宇宙移民时代半个世纪后，离地球最远的宇宙殖民地Side3以“吉翁公国”之名发动独立战争（一年战争）。吉翁总帅基连·扎比为了胜利，不惜用毒气攻击中立殖民地并将其作为武器投向地球联邦总部。然而，这颗“殖民星”意外坠落在南极，引发了名为“第二次冲击”的大灾难。灾难中，南极出现了巨大的金色翅膀和混沌景象，令战争双方恐惧而停战。战后，扎比家族在内乱中被暗杀，吉翁被神秘组织SEELE接管，并与联邦议和，得以在地球建立军事研究所“NERV”。西元15年，位于“第三新东京市”的NERV，其存在是为了应对“死海文书”预言中使徒的袭击。首个使徒“水天使”来袭，联邦军的量产型机动战士（MS）吉姆部队完全无法突破其“AT力场”的绝对防御，损失惨重。N?地雷的攻击也宣告失败。关键时刻，NERV司令碇源堂命令其疏远的儿子碇真嗣驾驶秘密开发的巨大人型决战兵器“初号机”出击。真嗣在目睹受伤的适格者绫波丽后，克服恐惧决定驾驶。初号机首战即被水天使压制，陷入危机。